Normalerweise sollten leere Nester kein Grund sein der verhindert, dass neue Nester spawnen.

Bei mir auf SE despawnen die Nester auch nicht aber nach einer gewissen Zeit sind wieder neue Eier da vorrausgesetzt es sind auch Wyvern in der Nähe.

Du kannst aber auch einfach cheat destroyall WyvernNest_C 0 in die Konsole eingeben( Adminrechte vorrausagesetzt).

dann haben jetzt mehrere Möglichkeiten hier stehen

falls andere auch mal Wyvernnester verschwinden lassen wollen.