Das CommandLine Argument -AutoDestroyStructures=True muss auch gesetzt werden. Erst dann zerfallen die Strukturen von alleine. Mit einen spärlichen Angaben kann ich dir aber nicht sagen wie du das machst.

?AutoDestroyDecayedDinos=true bewirkt das auch Dinos zerstört werden.

Es sind CommandLine Argument und gehören in die CommandLine. Also die Zeile die dienen Server startet. In der GUS.INI wirst du keinen Erfolg haben.

und zwar vie folgt:
-AutoDestroyStructures <- ohne True, hatte ich oben falsch angegeben.
?AutoDestroyDecayedDinos=true