Linux spezifisch kenne ich mich leider nicht aus. Aber im Regelfall wird immer der letzte Spielstand geladen.

Schau mal in deinen Ordner in dem die Spielstände gespeichert werden. Wahrscheinlich ist der "aktuelle" Spielstand beschädigt durch den Patch oder beim Runterfahren fehlerhaft gespeichert. Probier mal einen älteren Spielstand aus.

Ich weis nicht wie die Dateinamen bei Linux aufgebaut sind. Bei Windows sieht das so aus:
TheIsland.ark -> aktueller Spielstand
TheIsland_09.08.2016_22.31.30.ark -> Spielstand erstellt am 09. August 2016 um 22:31 und 30 Sekunden. Allerdings frage ich mich welche Uhrzeit dabei zugrunde gelegt wird. Die Zeit von meinem Server ist es nicht, denn die wäre 2 Stunden später.

Ich würde jetzt den aktuellen TheIsland.ark umbenennen in TheIsland.ark.alt bzw. woanders sichern und den TheIsland_09.08.2016_22.31.30.ark (bzw. den letzten) in TheIsland.ark umbenennen. Ggf. so lange bis du einen älteren funktionierenden gefunden hast.

Es wird dann der aktuelle TheIsland.ark geladen. Mein Windows-Server legt alle zwei Stunden eine Back-Up Datei an. Der aktuelle Spielstand wird alle 15 Minuten (je nach Einstellung in der GameUserSettings.ini "AutoSavePeriodMinutes=15") überschrieben.