Es ist nicht zwingend erforderlich den Server aus dem selben Verzeichnis zwei mal zu starten. Die leichteste und hinsichtlich der Möglichkeiten beste Variante ist es, zwei seperate Server aufzusetzen. Die Server können dadurch komplett eigene Settings (mehrere gus.ini & game.ini etc.) haben.

Beide Server sollten folgende Startparameter nutzen:

?AltSaveDirectoryName=Save1 -NoTransferFromFiltering -clusterid=test123

Der Directory Names muss für jeden Server unterschiedlich sein. Die clusterid sollte sehr einzigartig (wie ein Passwort) und bei allen miteinander verbundenen Servern gleich sein.
Wichtig ist nun folgendes: Das "clusters" Verzeichnis der beiden Server muss identisch sein. Sprich: Beide Server müssen das selbe clusters Verzeichnis nutzen. Am einfachsten geht das in dem man die Verzeichnisse mit einem Sym-Link verbindet.
Dies ermöglicht im übrigen auch das verbinden von unbeliebig vielen Servern.

Auch die Aussage, dass nur Server auf dem selben Root miteinander verbunden werden können stimmt nicht. Das clusters Verzeichnis lässt sich prima in der Cloud hosten. Ich habe das clusters Verzeichnis bei Dropbox erstellt und dann die Verzeichnisse per Sym-Link in die Dropbox verbunden. Somit konnte ich The Center - The Island - Scorched Earth miteinander verbinden und der Transfer funktioniert reibungslos.

Achja:

-NoTransferFromFiltering

Dieses Startparameter ist sehr wichtig. Es unterbindet das Downloaden von Dinos die von außerhalb des Clusters stammen. Somit ist es nicht möglich die Dinos etc aus dem Singleplayer oder von anderen (nicht dem Cluster angehörenden) Servern auf die eigenen Server herunterzuladen.