Ich vermute da nen Bug/Fehler seit relativ langer Zeit. Bei mir legen z. B. die Dodos fast keine Eier, Parasaurus hingegen mehr als genug. Versuche es mal mit anderen Dinos aus der jeweiligen Eierkategorie.
die Raten in den Servereinstellungen hochgeschraubt
Was heißt hochgeschraubt? Wenn mehr unbefruchtete Eier gelegt werden sollen, muss der "LayEggIntervalMultiplier" unter 1.0 stehen, darüber werden weniger Eier gelegt. Falls du es genau anders herum eingestellt haben solltest 
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Den hatte ich testweise mal stark angehoben, laut Nitrado soll ein höherer Wert für kürzere Intervalle sorgen, oder stell ich das besser in den config-dateien des Servers ein?
Ok, falls Nitrado das bei sich irgendwie anders eingestellt hat (falls das überhaupt möglich ist), dann keine Ahnung. Korrekt ist es aber eigentlich so, wie ich es beschrieben habe (ich könnte mir vorstellen, das Nitrado hier schlicht Bullshit geschrieben hat). Dreh den Wert einfach mal runter, zu Testzwecken z. B. auf 0.5 und schau, was bei rumkommt.
PS: Ich hab bei mir auch weit unter 1.0 eingetragen und bekomme mehr wie genug Eier dadurch. Ersetz auch mal die entsprechenden Dinos durch andere aus der Ei-Kategorie. Also z. B. statt Raptoren mal Compys, Dimorphodon, Trike oder Pegomastax nehmen. Evtl. kommst du dann an mehr Eier. Ich nutze im meinem Fall statt den Dodos immer Parasaurus, da die bei mir deutlich mehr Eier legen 
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Danke dir, werde das mal austesten und schauen ob es sich bessert